Allan Nielsen blev præsenteret i Lyngby d. 31. august 2007. Han kom direkte fra OB, hvor han i løbet af en halvsæson spillede 4 kampe og scorede 1 mål. Allan fik debut på den centrale midtbane i hjemmekampen mod FC Midtjylland d. 2. september 2007, en kamp som Lyngby tabte 2-1.

Allan Nielsen valgte efter en halvsæson i Lyngby at stoppe sin karriere som fodboldspiller. Han nåede i alt at spille 12 kampe i den kongeblå.