Gytkjær kom til Lyngby i januar 2005 som 1. års junior. Da Lyngbys juniorhold i 2006 vandt Danmarksmesterskabet, var Gytkjær den helt store målkonge med 22 scoringer i ligeså mange kampe. Udover de mange scoringer i Junior- og Ynglingeligaen, er det også blevet til 4 mål på U/17-landsholdet. I oktober 2007 var Gytkjær, sammen med sin lillebror Frederik, på et træningsophold i Liverpool.
