Emil Larsen har spillet i Lyngby Boldklub hele sit liv. I 2006 var Emil som 1. års junior med til at vinde Juniorligaen og blev efterfølgende udtaget til U/16-landsholdet. I februar 2007 var Emil på en uges træningsophold i Tottenham. Han fik debut på det danske U/17-landshold d. 30. juli 2007 og scorede sit første mål i den rød/hvide trøje d. 4. august 2007 i U/17-landsholdets kamp mod Finland. Danmark vandt kampen 2-0. Emil var i uge 4, 2008 på en uges træningsophold i Heerenveen.
