Frederik Weibel kom til Lyngby fra AB som 1. års junior i juli, 2006. Han spillede alle kampe i GF-Cup og var i 2006 med til at vinde Danmarksmesterskabet i Juniorligaen. I alt spillede Frederik 10 kampe og scorede 1 mål i sin første halvsæson i Lyngby. I december 2006 (uge 50) var han på prøvetræning hos Blackburn Rovers. I september 2007 var Frederik på træningsophold hos Manchester City.
