Martin Andersen kom til Lyngby i sommerpausen i 2006 fra Brabrand IF. Han fik sin ligadebut i udekampen mod Køge d. 17. september 2006, en kamp som endte 3-1 til Køge. Da Martin d. 24. september samme år spillede sin første kamp på Lyngby Stadion gik det anderledes godt. Lyngby vandt 6-2 over Thisted og Martin fik både tilkæmpet sig et straffespark og scoret målet til 4-1.

Martin A. fik i februar 2009 ophævet sin kontrakt i Lyngby og skiftede til sin barndomsklub, Allerød FK.