Martin Nielsen kom til Lyngby fra Brøndby som 1. års yngling og var efter få måneder i klubben med til at vinde pokalturneringen og sølvmedaljerne i ynglingeligaen. I 2008 blev Martin rykket op i Lyngbys U-trup. Han fik debut på Lyngbys 1. hold i Superligakampen mod OB d. 2. april 2008, dette blev hans eneste optræden med Lyngbys bedste mandskab.
I februar 2009 forlod Martin Nielsen Lyngby Boldklub.
