Rune Pedersen blev præsenteret i Lyngby d. 10. juli 2007 som en erstatning for Stefan Campagnolo. Han fik debut i hjemmekampen mod Randers FC d. 22. juli 2007, en kamp som Lyngby tabte 0-3. I sæsonen 2007/08 blev det til i alt 28 ud af ligaens 33 kampe for den rutinerede målmand og umiddelbart efter, at nedrykningen til 1. division blev en kendsgerning, forlængede Rune sin kontrakt med yderligere 3 år.
